Águas do Paraíba tem seis estações de tratamento de esgoto (ETEs). A primeira estação inaugurada em Campos dos Goytacazes foi a ETE Chatuba, uma das mais modernas do país, que garante uma retirada de 97 % das impurezas do esgoto.
Além disso, o sistema de esgoto de Águas do Paraíba conta com a ETE Guarus, ETE Codin (Vila Industrial, Parque Codin e Terra Prometida), ETE Imperial, ETE Paraíba e ETE Donana.